قال ابن المديني أقام سفيان في أختفائه نحو سنة وقال يحيى القطان مات في أول سنة إحدى وستين ومئة قلت الصحيح موته في شعبان سنة إحدى كذلك أرخه الواقدي ووهم خليفة فقال مات سنة اثنتين .
قيل: أخرج بجنازته على أهل البصرة بغتة فشهده الخلق ، وصلى عليه عبد الرحمن بن عبد الملك بن أبجر الكوفي بوصية من سفيان لصلاحه، قال ابن المديني: أقام سفيان في اختفائه نحو سنة ، وكان موته - رحمه الله - في شعبان سنة 161هـجرية ، وقال أحمد بن يونس قال: "سمعت الثوري ما لا أحصيه، يقول: اللهم سلم سلم، اللهم سلمنا، وارزقنا العافية في الدنيا والآخرة"، وقال يزيد بن إبراهيم : "رأيت ليلة مات سفيان قيل لي في المنام: مات أمير المؤمنين أي: في الحديث".
ولم يتمكن إخوانه وأصحابه من الاجتماع للصلاة عليه ، فجعلوا يفدون إلى قبره يوم وفاته، ودفن وقت العشاء، وعن بعض أصحاب سفيان قال: "مات سفيان بالبصرة ودفن ليلا ً، ولم نشهد الصلاة عليه ، وغدونا على قبره ومعنا جرير بن حازم ، وسلام بن مسكين من أئمة العلم ، فتقدم جرير وصلى على قبره ثم بكى وقال :